在深圳，一方面是城市未来发展用地枯竭，开发强度达到49%；另一方面则是占城市建设用地面积40%的违法建筑低效和无序利用。
未来如果不能向存量建筑和用地要空间，深圳发展制定的各项计划将受阻。
从这个角度来讲，深圳处理违法建筑的试点是“倒逼”结果，这也无疑为我国高度城市化地区盘活存量用地和集体土地市场化提供了可行的实践经验。
       
        从2009年发布处理违法建筑的实施办法后，小产权村委集资房，深圳用了5年时间研究如何将违法建筑和用地纳入城市发展的正常轨道，核心问题是如何处理收益和成本在原村民、开发商和政府三者之间的合理分配，做到既能确保合理保护原村民权益的原则，又能坚持“城市规划”和“土地用途管制”的法律底线；做到既能维护政府公信，又能体现政府收益。
         对深圳试点处理违法建筑和小产权房的具体办法而言，首先是适当照顾原村民和原农村集体经济组织的利益，即部分属于原村民的住房将确权后给予正式的入市资格，而外来建房行为仍属于违法，保持严厉处罚的高压；其次，突破政府原先划定的、每户100平方米宅基地红线，承认原村民3栋以内违法建筑合法化，并根据违法程度，在补缴一定地价的前提下可以申请“转正”；再次，对于生产经营类、商业办公类违法建筑的处置比住宅类宽松，不管原村民还是非原村民所建，只要接受一定罚款和补缴地价，就可以发放非商品性质的“绿本”房产证，若能按商品房的市场评估价补足地价，就可以“转红本”；最后，对于情况复杂、暂时无法确权的，暂时留用发挥其价值以待未来解决。
        值得注意的是，违法建筑为深圳解决了近千万外来人口的住房问题，城中村小产权房的价格和租金仅为同区域类商品住房价格的1/4到1/3，极大地稳定了深圳外向型经济的用工规模、降低了用工成本，不仅塑造了“中国制造”的核心竞争力，而且发挥了保障房的作用，减轻了政府在住房保障上的压力，深圳光明村委小产权房出售，降低了整个城市生活服务业的价格。同时，原村集体早期“三来一补”的外向型经济模式，尽管存在不集约、不节约的问题，但奠定了深圳早期工业化、城市化和开放体系的基础。
        因此，深圳此次处理违法建筑的做法，首先就是保障原村民和原农村集体经济组织的利益，客观承认原村民和村集体为深圳城市化、工业化和改革开放做出的贡献。而突破政府原先划定的、每户100平方米宅基地红线，承认原村民3栋以内违法建筑合法化，就是对于这一历史贡献综合评估后的认可。

由于早期城市化的不完全和缺憾，而在后来城市化的过程中，原村民和村集体“违法和贡献”的边界、政府“历史责任和涨价归公”的边界已经难以厘清，如果单纯按照土地国有的性质、土地用途管制的规则，延续政府单一征收的做法，不仅成本高昂，而且于情于理都难以施行。可能导致的结果就是，一方面是房价地价高昂，居民置业成本、城市营商成本居高不下，一方面是土地大量闲置和低效利用。而整个城市也将陷入“业主不得合法收入”、“资源不得有效利用”、“政府不得有效税收”的共输结局。